灌裝間的空間環境衛生是純凈水生產中的一個重要環節，特別是在空氣較為潮濕的地方，再加上灌裝間也是長期處于潮濕的狀態，空氣中容易滋生細菌和霉菌。因此，水廠要做好對灌裝間的空間消毒工作。通常在水廠中常用的空間消毒方法有以下幾種：

1、二氧化氯熏蒸法

按每立方米空間需1ml活化后的二氧化氯消毒劑比例，每20立方米放置一個寬口的容器相對均勻地懸掛在室內四周距地面1米以上的墻上，每隔三天更換一次，采取三天內輪流更換，消毒效果更為有效。

2、甲醛熏蒸法

此方法殺菌*，但在熏蒸的過程中由于甲醛的氣味有強烈的刺激性，對人體會造成不適，因此此方法通常每周進行一次。倒適量的甲醛溶液于塑料的瓶器中（每立方米空間甲醛用量為10~15毫升），再倒入0.5克的高錳酸鉀。配好后將此溶液放置在屋內四角及中央，熏蒸完畢后，屋內可放一小瓶25%的氨水中和氣味。

     在標準的灌裝間中，需用255~380ml的甲醛和126~190克的高錳酸鉀。

3、雙氧水噴霧法

    將稀釋比例為1：50的雙氧水倒入噴霧器中，對灌裝間的各處進行均勻的噴灑，用量為每100立方米用200毫升。

4、二氧化氯噴灑法

用500~800ppm（1：25~40）活化的二氧化氯消毒劑噴灑、噴霧于空間中。噴霧粒子小，分散度高，效果好。用量為每立方米空間需用二氧化氯消毒液1毫升。

此外，由于細菌對消毒劑有適應性，灌裝間的消毒劑要定時地更換品種，這樣才能達到良好的殺菌效果。